История создания и существования храма очень непростая. Решение о строительстве православного храма было принято по ходатайству греческой общины Евпатории. Кроме того, на него повлияла необходимость создания ещё одного святого места, так как уже существующий Николаевский храм не удовлетворял потребности всех верующих Евпатории.
Храм относится к типичным постройкам в греко-византийском стиле. Его основная особенность состоит в том, что на плане, здание по форме напоминает крест. Фасады храма выглядят достаточно просто, самым ярким украшением которых, выступают витражные окна. Особо привлекает внимание колокольня, состоящая из трёх ярусов, которая является наивысшей точкой храма.
Проект, архитектором которого был А. А. Генрих, начал осуществляться в 1911 году, а закончился в 1918. Окончание строительства ознаменовалось освящением храма во имя Святого пророка Илии.